B. Boussau - Phylogenetic identification of sites and genes associated to discrete and continuous phenotypes

Abstract

Identifying the footprints of selection in coding sequences can inform about the importance and function of individual sites. In particular, identifying sites correlated with discrete or continuous traits that vary across species could be helpful to understand the genetic architecture of phenotypes. To do so, it is important to use a method that takes into account the phylogeny and models sequence evolution accurately. In this presentation, I present our efforts to develop such a method, both through standard statistical phylogenetics and through deep learning. I present results on simulated data and on genes from a large number of mammalian genomes to look for sites associated to several phenotypes of interest (e.g., diet, echolocation, aquatic lifestyle, etc.).

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Bastien Boussau est chercheur en biologie évolutive et en phylogénomique. Ses travaux portent sur le développement de méthodes statistiques et computationnelles pour étudier l’évolution des génomes, en intégrant à la fois les relations phylogénétiques entre espèces et des approches récentes d’apprentissage automatique. Il s’intéresse en particulier à l’identification des liens entre variation génétique et traits phénotypiques à grande échelle.

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