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Ces systèmes reposent sur la mise en évidence d’interactions moléculaires (protéine – protéine, protéine – ADN…) par mesure de la durée de vie de fluorescence du donneur en absence ou en présence d’un accepteur. Basés sur la mesure des durées de vie des fluorochromes, ils renseignent sur la proximité des molécules et sur leurs potentielles interactions, indépendamment de leurs concentrations dans l'échantillon ou de leurs intensités de fluorescence. Temps d’acquisition variable (de quelques secondes à quelques dizaines de secondes) selon l’intensité de fluorescence et le type d’information recherchée (durée de vie par zone ou par pixel).