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FR AIB

Protéomique

Protéomique
La FR AIB est étroitement associée à l’Infrastructure Protéomique de Toulouse (IPT) dirigée par Odile Schiltz et dont le site principal est localisé à l’Institut de Pharmacologie et de Biologie Structurale. L’Infrastructure est ouverte à l’ensemble de la communauté scientifique du secteur public et privé. Un ingénieur (Carole Pichereaux), membre de la FR AIB, spécialisée en spectrométrie de masse assure la prise en charge des projets protéomiques de la Fédération. Cette plate-forme assure par spectrométrie de masse, l'analyse des protéines à grande échelle depuis leurs identifications et caractérisations jusqu'à leur quantification voire leurs interactions moléculaires.

Ses missions

L’ensemble des prestations fournies permet de couvrir différents aspects de l’étude des protéomes :

  • l’identification des protéines,
  • l’étude des modifications post-traductionnelles,
  • l’analyse de complexes protéiques et l’identification des partenaires,
  • l’analyse quantitative globale des protéomes,
  • l’analyse quantitative ciblée de protéines d’intérêt,
  • le traitement bioinformatique des données,
  • l'analyse de protéines entières.
protéomique

Ses outils

  • Plusieurs spectromètres de masse de dernière génération constituent l’essentiel de l’équipement du site principal.
    • nanoLC-ESI MS/MS utilisant des spectromètres de masse à haute résolution et haute vitesse d’acquisition  de type Orbitrap (Thermo Scientific) avec plusieurs modes de fragmentation possibles (CID, HCD, ETD) pour l’analyse protéomique globale (2 Thermo LTQ-Orbitrap Velos, Thermo Orbitrap Fusion, Thermo Q-Exactive Plus et Thermo Q-Exactive HF-X)
    • spectromètre de masse de type Q-TRAP (Applied Biosystems) dédié à l’analyse protéomique  ciblée
    • spectromètre de masse de type Waters Synapt G2-Si dédié à l’analyse des protéines entières
    • spectromètre de masse de type MALDI-TOF/TOF (5800-Applied Biosystems)
  • L’analyse des interactions protéines-protéines  par système Biacore.