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European COoperation in Science and Technology (COST) Action Food & Agriculture FA1106 – QualityFruit

Une approche systèmes intégrés pour déterminer les mécanismes développementaux qui contrôlent la qualité des fruits de la tomate ou du raisin.

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Comment les fruits charnus se développent, murissent et produisent leurs caractéristiques nutritionnelles et sensorielles si recherchées par les consommateurs ? Est-ce que la tomate et le raisin utilisent des stratégies et des voies de signalisations communes ou différentes pour contrôler leur processus de maturation? Pour répondre à ces questions, le laboratoire de Génomique et Biotechnologie des Fruits (INRA/INP-ENSAT) dirigé par M. Bouzayen coordonne depuis juillet 2012, un réseau European COoperation in Science and Technology (COST) Action FA1106 « QualityFruit ». Ce réseau financé par la Commission Européenne (RTD Framework programmes) regroupe à ce jour 47 laboratoires travaillant sur le fruit issus de 22 pays européens. Le budget de 600 K€ sur 4 ans est destiné à favoriser les échanges entre chercheurs européens et à promouvoir de nouvelles initiatives de recherches visant à identifier les mécanismes qui contrôlent le développement et la qualité des fruits charnus.
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Le réseau COST FA1106 « QualityFruit » ambitionne d’unifier l’effort de recherche de deux communautés travaillant sur les fruits dits climactériques (dont le murissement est contrôlé par  une hormone majeure du développement du fruit, l’éthylène) représentés par la tomate (la pomme, la banane ou le melon) et sur les fruits non-climactériques comme le raisin (la fraise ou les agrumes). Il est attendu que la réunion de compétences pluridisciplinaires favorise l’émergence d’approches intégrées susceptibles d’apporter un éclairage nouveau sur les signaux et les mécanismes qui sous-tendent le processus de maturation  des deux types de fruits.

L’activité du réseau s’appuie sur les avancées scientifiques récentes en particulier le séquençage des génomes de la tomate (Nature, 2012) et du raisin (Nature, 2007) et la mise en place de nombreuses ressources biologiques pour ces deux fruits modèles. Ces avancées ajoutées aux évolutions technologiques majeures d’analyses à haut-débit du transcriptome, du protéome et du métabolome, offrent un contexte inédit pour appréhender l’étude des mécanismes qui régulent le développement des fruits charnus.

Quatre jalons ont d’ores et déjà été identifiés par le réseau :

  • l’établissement de plateformes haut-débit et de systèmes/organisations qui rendent ces données pleinement accessibles aux partenaires du réseau,
  • le développement et la mise à disposition d’outils bio-informatiques pour le stockage, l’utilisation, le traitement des données générées, 
  • l’intégration des données par des approches « biologie des systèmes »,
  • la mise en place d’approches de génétique inverse (RNAi, VIGS, TILLING) et de cartographie génétique permettant de lier un gène à une fonction ou un phénotype.

En pratique, le réseau COST FA1106 « QualityFruit » :

  • facilite les échanges et les coopérations grâce à l’organisation de conférences scientifiques, de workshops et de groupes de travail (3 par an),
  • met en place des écoles thématiques pour partager les savoirs et les expertises (2 écoles par an),
  • propose des bourses de voyages qui permettent aux scientifiques et étudiants de séjourner quelques semaines à plusieurs mois dans un laboratoire situé dans un autre pays membre. Ceci permet d’initier des collaborations, d’apprendre de nouvelles techniques et d’utiliser un instrument scientifique non-disponible dans le laboratoire d’origine (6 à 10 bourses décernées par an)